Link, jeune garçon vivant dans les Bois Perdu parmi les Kokiris, un peuple de la forêt d’Hyrule ne vieillissant pas, est le seul enfant du village a ne pas avoir de fée, un esprit protecteur qui accompagne chaque Kokiri.
Un matin, il se voit appelé par l’Arbre Mojo, l’esprit protecteur de la forêt, par le biais d’une fée Navi. L’Arbre Mojo l’incombe alors d’une mission : défaire le monde du joug prochain de Ganondorf, un homme du désert cherchant à s’emparer du pouvoir des déesses créatrices.
Pour ce faire, Link devra rechercher les trois Joyaux Ancestraux afin d’ouvrir les portes de la Terre Sacrée, l’endroit que les déesses ont foulé du pied lors de leur descente sur Hyrule, et où se trouve entreposée la Force… Il sera accompagné de Navi, la fée envoyée par l’Arbre Mojo, et sera aidé à plusieurs reprises par son amie de la forêt, Saria, durant sa quête au fin fond des plaines d’Hyrule.