Gon Freecs, 12 ans, vit sur une île reculée. Son père ayant disparu, il vit avec sa tante et sa grand-mère. Mais le jour où il apprend que son père, Jin Freecs, est un Hunter et qui plus est l’un des meilleurs de son temps, il décide de se rendre au très réputé examen de Hunter pour décrocher le certificat de Hunter et ainsi pouvoir se mettre à la recherche de son père.

Cependant l’examen qui a lieu chaque année est très difficile et dangereux, les participants peuvent y mourir à tout moment. On raconte même que sur dix mille candidats, un seul arrive jusqu’à l’examen, mais cela ne décourage pas le jeune héros qui est plus déterminé que jamais.