Afin de lutter contre la criminalité dans le plus grand secret, des unités spéciales ont été formées : les Lycoris. Ces jeunes orphelines surentraînées agissent dans l’ombre, au péril de leur vie, pour maintenir la paix du Japon pour le compte de la DA, l’organisation gouvernementale secrète chargée de les encadrer.

Suite à une opération qui a capoté, Takina Inoue s’est vue endosser la responsabilité de cet échec et a été mise à l’écart, transférée dans un petit café faisant office de couverture pour une branche de la DA : LycoReco. Là-bas, elle fait la rencontre de sa nouvelle partenaire, Chisato Nishikigi, une Lycoris exceptionnelle en tous points, qui va changer sa vision du monde.