Au lycée Kunugigaoka se trouve la classe 3-E, exclue dans les montagnes pour étudier et surtout pour assassiner leur professeur, Koro-sensei. En effet, cette étrange créature, ressemblant à un smiley avec des tentacules, a réussi à trouer la lune jusqu’à ce que celle-ci en devienne un croissant ! Il posa alors ses conditions au gouvernement : devenir le professeur de la classe 3-E. Cependant, si d’ici une année aucun de ses élèves ne parvient à le tuer, la Terre connaîtra le même sort que celui de la Lune !