Jinta Yadomi, surnommé Jin-tan, Meiko Honma, surnommée Menma, Naruko Anjō, surnommée Anaru, Atsumu Matsuyuki, surnommé Yukiatsu, Chiriko Tsurumi, surnommée Tsuruko, et Tetsudō Hisakawa, surnommé Poppo sont six amis d’enfance que rien ne sépare. Tous membres du club Super Busters Pacifique, ils passent leurs journées à défendre la paix en s’amusant.
Mais tout s’arrête quand Menma chute dans une rivière et décède. Le petit groupe se sépare et chacun mène sa vie de son côté. Jin-tan, adolescent devenu hikikomori, mène une vie morne et terne. Mais tout va basculer lorsqu’il va s’apercevoir qu’il peut voir le fantôme de son amie Menma et converser avec elle. Malgré le fait qu’il soit le seul à la voir, Jin-tan va tenter de renouer avec ses anciens amis pour donner à Menma l’occasion de les revoir ensemble une dernière fois.